Shinji es el tercer niño elegido por NERV a sus 14 años, su padre Gendou Ikari le llama para pilotar unos enormes robots o máquinas de combate contra los ángeles o también a veces calificado como enemigo. Su Evangelion es clasificado como 01, para más información véase en personajes "no humanos"

Es un niño pacífico y tímido que le cuesta relacionarse con la gente. Vive junto a Misato, Asuka y Pen Pen en un piso lejos de Neotokyo 3.

En un principio se niega a pilotar el Eva-01 aunque después de ver a Rei y Asuka en estados lamentables actúa de una forma prodigiosa eliminando cualquier adversario. Su sincronización es fenomenal y aprende rápido a defenderse. ¿ será por que su madre está dentro ?

Sus aficiones son algo desconocida aunque toca el violonchelo desde chico. Lo toca cuando está triste pero nunca lo muestra a los demás, solamente hay dos personas que lo saben: el antiguo tutor de shinji y Asuka, ya que el piensa que no lo hace bien.